Tuy nhiên, công tác quản lý đề án đang gặp nhiều thách thức. Việc tổng hợp danh mục, phân loại, theo dõi tiến độ và đánh giá kết quả chủ yếu vẫn thực hiện thủ công qua email, Excel hoặc hồ sơ giấy. Phương thức này khó kiểm soát tiến độ, dễ mất mát dữ liệu, khó truy xuất hồ sơ cũ và thiếu minh bạch trong đánh giá hiệu quả.